En 1622 se comienza la edificación con los bienes dejados a los Jesuítas por la Emperatriz María, hija de Carlos V y hermana de Felipe II, terminándose su construcción 42 años después.Comenzó la obra el arquitecto Pedro Sánchez. Cuando éste fallecio le sucedio Francisco Bautista.

Antigua Catedral de san Isidro, hoy parroquia de Nuestra Señora del Buen Consejo
En un comienzo fue la Iglesia del antiguo Colegio Imperial de los Jesuitas. Cuando en tiempos de carlos III los Jesuitas fueron expulsados ( 1767), la Iglesia se transformo en Colegiata y se dedico al Patrón de Madrid, San Isidro.
Desde 1789 en el altar mayor se encuentran los restos incorruptos del Santo y de su mujer Santa María de la Cabeza.
En 1885 la Iglesia pasa a ser Catedral hasta la conclusión de la Almudena en 1993. Hoy en día es la Parroquia de Nuestra Señora del Buen Consejo.
Tal y como describe Pedro Répide( Cronista oficial de la Villa de Madrid, 1882-1948) en “Las calles de Madrid”:
“La planta de esta iglesia es de cruz latina. Son armónicas sus proporciones y hermosa su cúpula… magnífica es su capilla mayor…En el intercolumnio del centro hay un gran nicho de medio punto, con arquivolta, en el que sobre un pedestal está la doble arca que contiene el cuerpo de San Isidro Labrador, y dentro del pedestal está la urna con las reliquias de Santa María de la Cabeza.”
Entre estos muros tuvo lugar en el invierno de 1852 el atentato contra la Reina Isabel II. El cura Martín Merino acudio a la iglesia con un puñal con el intento de asesinar a la Reina, la cual acudia a la iglesia por primera vez para agradecer el nacimiento de su hija primogénita.
Al finalizar el oficio, el cura se acerco a ella aparentando querer entregarle algún documento y rapidamente le lanzó una puñalada, la reina cayó de espaldas al tiempo que la comitiva real detuvo al agresor. Quiso el destino que las ballenas del corsé de la reina y el hecho de protegerse con el brazo impidiesen que la herida fuese grave.
Al parecer en realidad el cura quería atentar contra Narvaez por el régimen tan duro que éste había impuesto ( suya es la frase :” No puedo perdonar a mis enemigos, porque los he matado a todos”), pero dadas las medidas de seguridad que le rodeaban decidio atentar contra la reina.
El cura Merino fue condenado a la pena de muerte del garrote vil, a la que se enfrento de una forma fría y sumamente sarcástica.